山号は虎渓山。虎渓の名称は景色が中国廬山の虎渓に似ていることによるといわれています。　
1313年(正和2年)土岐氏の招きをうけた夢窓疎石が長瀬山の幽境に庵居しこの禅寺を開創されましたが、
1317年(文保1年)夢窓は同門の元翁本元(仏徳禅師)に寺の後事を託して上京されました。　
1335年(建武2年)夢窓が臨川寺(京都)開山となられたとき、永保寺開山は元翁本元に改められました。
元翁の寂年は1331年(元弘1年)で、開山となられた時にはすでに遷化されていましたが、
元翁の塔所である南禅寺正的庵末寺の五山派寺院として展開しました。
しかし文明期以後には衰微しましたが、江戸時代の1746年(延享3年)には末寺28ケ寺、孫末寺１ケ寺を有し
山内塔頭の輪番によって住持をつとめ護持されてきました。